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교육부는 2018년 4월과 5월 전주시 완산구에 위치한 A학교법인과 B대학에 대한 회계감사를 실시했다. 다음 해 8월 12일 교육부는 ‘성과보상금 등 학교기업회계 집행 부당’. ‘총장 등 보수지급 부적정’, ‘국외출장여비(문화활동비) 집행 부적정’, ‘교직원(특별) 상여수당 등 지급 부적정’ 등 지적사항 15건과 이에 대한 처분 요구사항을 학교 측에 통보했다.
2020년 8월 7일 교육부는 “회계감사 처분 요구사항을 이행하지 않았다”며 B대학의 2021학년도 입학정원을 전년 대비 5% 감축하는 처분을 내렸다.
2021년 8월 교육부는 처분 요구사항을 이행하지 않았다며 2022학년도 입학정원을 전년 대비 5% 감축하는 처분을 재차 내렸다.
이에 A대학과 B법인은 해당 처분이 “법령에 근거하지 않은 위법한 처분”이며 “타당한 처분이라고 해도 지나치게 과중하다”며 행정소송을 냈다.
법원은 “2021년 8월 교육부가 A법인에 한 2022학년도 입학정원 5% 감축처분을 취소한다”며 학교 측 손을 들어줬다.
재판부는 “입학정원이 감축되는 이 사건 처분은 고등교육법이 정하는 가장 무거운 처분의 하나로 한시적으로 입학정원 증원을 불허하는 처분이나 학생모집을 제한하는 처분과 비교하면 불이익이 매우 크다”고 지적했다.
그러면서 “학교 측이 처분 요구사항을 이행하기 위해 노력 중이며 일부는 이행을 완료했고, 입학정원 감축 처분보다 낮은 제재만으로도 처분으로 달성하고자 하는 공익을 충분히 달성할 수 있을 수 있을 것으로 보인다”고도 지적했다.
다만 법원은 처분이 법령에 근거하지 않아 위법이라는 주장은 받아들이지 않았다.