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정 원장은 우선 공수처가 내란 혐의를 수사할 권한이 있는지부터 의문을 제기했다. 공수처는 고위공직자범죄와 ‘직접 관련성’이 있는 범죄만 수사할 수 있는데, 내란죄는 이에 해당하지 않는다는 것이다.
정 원장은 “직권남용죄와 내란죄는 범죄의 구성요건적 행위태양이 전혀 다르다”며 “기본적 사실관계의 동일성이 없어 공수처가 수사할 수 있는 고위공직자범죄로 보기 어렵다”고 설명했다.
또 다른 중요한 쟁점은 영장청구권이다. 공수처 검사는 판사, 검사, 경무관 이상 경찰공무원에 대해서만 기소권을 갖기 때문이다. 대통령에 대해서는 기소권이 없다는 의미다. 정 원장은 “공수처 검사는 기소권을 갖는 사건에 대해서만 영장청구권을 행사할 수 있다”며 “기소권이 없는 사건에서는 일반 검사에게 신청해 검사의 청구로 영장을 발부받아야 한다”고 지적했다.
그는 영장 청구 법원 선택도 문제가 있다고 보고 있다. 공수처법은 재판관할만 규정하고 있을 뿐 영장청구 관할은 규정하지 않고 있는데도, 공수처는 서울서부지방법원에 체포영장을 청구했다. 정 원장은 “서초동 서울중앙지방법원과 공덕동 서울서부지방법원의 위치나 거리를 볼 때 서부지법에 영장을 청구할 이유가 없다”며 “수사처가 자의적으로 법원을 선택한 것으로 보인다”고 비판했다.
서부지법이 영장을 발부하면서 군사시설 관련 형사소송법 조항의 적용을 배제한 점에 대해서도 지적했다. 한남동 관저가 군사시설보호구역으로 지정된 만큼 군사상 비밀장소 출입 관련 규정(형소법 제110조)과 공무상 비밀 관련 규정(형소법 제111조)을 배제할 수 없다는 것이다. 정 원장은 “피의자 수색의 경우에도 이 조항들을 배제할 수 없다”며 “법관이 법률조항을 임의로 제한한 것은 위법”이라고 설명했다.
정 원장은 ‘수사기관의 강제처분은 엄격한 법적 절차에 따라 이뤄져야 한다’며 이번 수사 과정에서 이러한 기본 원칙이 제대로 지켜지지 않았다는 점에 우려를 표했다.