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중장기 교육정책을 수립하기 위해 설립되는 국교위는 위원 21명 중 2명을 교원단체 몫으로 배정한 바 있다. 이에 한국교원단체총연합회(교총)과 교사노동조합연맹(교사노조), 전교조는 교원단체 확정을 위해 논의를 했으나 합의가 되지 않았던 것으로 알려졌다. 교총의 경우 규모가 가장 커 사실상 확정됐지만, 남은 한 자리를 두고 교사노조와 전교조가 갈등을 빚고 있다는 것이다.
교육부는 국교위법 시행령에 따라 교원단체 추천위원을 결정하기 위해 교원 단체 회원수 등을 요구했고 교사노조는 제출했지만, 전교조는 교사노조의 중복조합원 문제를 이유로 제출하지 않았다. 국교위법 시행령에 따르면 교원단체 회원 수 또는 조합원 수와 관련해 단체 간 이견이 있는 경우 관계 중앙행정기관의 장은 관련 자료의 제출이나 의견 제시를 요청할 수 있다.
전교조는 조합원 수 산출기준을 동일 단체 안 중복 가입자는 1명으로 계산하고 단체 간 중복 가입자는 중복 단체 개수에 따라 1/3명~1/2명으로 계산하고 주장했다. 이에 교사노조 측은 이러한 계산은 현행법상 불가능하다며 일반적인 산정을 주장하고 있다.
전교조는 교사노조의 복수가입자가 정리되지 않으면 한 사람이 투표권을 2~3번 행사하는 것과 마찬가지라는 입장이다. 실제로 교사노조가 복수 가입을 권장하는 홍보물을 누리집에 올리는 등 복수가입자가 상당할 것이라는 게 전교조의 주장이다 전교조는 “국교위는 정권에 따라 달라지는 교육정책이 아닌 지속 가능한 교육을 위해 만든 기구”라며 “구성 과정에서부터 위법성 논란을 키운다면 국교위가 과연 입법 취지에 맞는 역할을 할 수 있을 것인지 의문”이라고 목소리를 높였다.
교사노조는 전교조에도 단체 간 중복가입자가 있다며 개인정보 등을 이유로 중복조합원을 걸러내는 것은 사실상 불가능하다는 입장이다. 교사노조 관계자는 “중복조합원을 확인하려면 개인정보가 필요한데 현행법상 (개인정보 수집을) 할 수 있는 법적 기구나 권한을 가진 자가 없다”며 “민주노총과 한국노총도 규모를 기준으로 제1노총을 결정하는데 중복조합원 문제삼은 바 없다”고 반박했다.

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