방통위는 지난 8월 29일 “이 사건을 담당한 행정12부가 앞서 MBC 대주주인 방송문화진흥회 신임 이사의 선임을 막은 재판부여서 공정한 재판을 기대할 수 없다”며 재판부 기피 신청을 냈다.
행정12부는 권태선 방문진 이사장 등 기존 이사들이 “2인 체제 방통위가 신임 이사 6명을 선임한 것은 무효”라며 낸 집행정지 신청을 받아줬었다. 이후 문재인 정부에서 임명된 야권 성향 이사 5명이 방통위의 KBS 새 이사 추천과 대통령의 임명안 재가가 무효라며 집행정지 신청을 냈다. 이후 이 사건이 또 행정12부에 배당됐다. 서울행정법원은 “전산 시스템으로 무작위 배당했을 뿐”이라고 설명했다.
재판부 기피 신청의 1심을 맡은 서울행정법원 행정14부(송각엽 부장판사)는 지난 9월 12일 신청을 기각했고, 방통위는 항고했다.