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2017년 중소기업옴부즈만이 519개 중소·중견기업을 대상으로 한 설문조사에 따르면 연간 451페이지의 서류준비, 120일의 기간이 행정조사 대응에 소요되는 것으로 조사됐다. 이에 2017년 12월 정부는 ‘국민불편·부담 경감을 위한 행정조사 혁신방안’을 발표하면서 10년 만에 행정조사를 전수 조사하고, 27개 부처 총 608건에 달하는 항목 중 175건에 대해 정비(개선 170건, 폐지 5건)한바 있다.
그러나 기업들의 행정조사에 대한 부담은 여전한 것으로 나타났다. 최근 5년간 정부기관으로부터 1회 조사를 받을 때 소요되는 평균 기간을 묻는 질문에 1개월 이상~3개월 이하라는 응답이 56.2%로 가장 많았다. 3개월 이상이라는 응답도 5.9%에 이르렀으며, 1개월 이하라는 응답은 37.9%에 그쳤다.
동일 사안에 대해 두 곳 이상의 정부 또는 정부기관으로부터 중복조사를 받는 경우도 발생하고 있는 것으로 나타났다. 응답 기업 중 7.2%는 지난 5년간 행정조사에서 중복조사 경험이 있는 것으로 나타났다. 기관별 비중은 국세청이 36.4%로 가장 높았고, △시청 22.7% △세관 13.6% △환경부 9.1% 순으로 나타났다.
정부 행정조사 결과 시정명령, 과태료, 입건 등 처분을 받은 경험이 있다는 응답은 54.1%로 나타났다. 특히 처분 경험이 있는 기업 중 정부 조사 1회당 처분을 받은 비율이 80% 이상이라는 응답 기업이 62.5%에 달해 행정조사가 기업 경영에 부담으로 작용할 가능성이 큰 것으로 나타났다. 최근 5년간 정부 조사로 인한 경영손실에 대해서는 연간 매출액의 1% 이하 수준이라는 응답이 대다수를 차지했다.
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유환익 전경련 기업정책실장은 “행정조사를 실시하는 정부나 기관 입장에서는 각각 한 건의 조사에 불과하지만, 다수의 행정조사를 받아야 하는 기업 입장에서는 큰 부담으로 작용할 수밖에 없다”며 “행정조사도 일종의 규제 효과가 있는 만큼 규제개선과 마찬가지로 매년 현황을 파악해 불필요한 조사를 적극 폐지·정비하여 기업의 부담을 줄여야 한다”고 강조했다.