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항소심은 우선 조 전 원장이 홍장원 전 국정원 1차장으로부터 윤석열 전 대통령의 정치인 체포 지시를 보고받았다고 인정했다. 재판부는 홍 전 차장이 조 전 원장에게 “윤석열로부터 방첩사를 지원하라는 지시를 받았다”, “방첩사가 이재명, 한동훈을 잡으러 다닌다”는 내용을 보고한 사실이 인정된다고 판단했다.
이에 따라 조 전 원장이 계엄 이후 기자회견과 인터뷰 등을 통해 윤 전 대통령의 정치인 체포 지시를 보고받지 않았다는 취지의 내용을 알린 행위도 국정원법상 정치관여에 해당한다고 봤다.
재판부는 조 전 원장이 “자신의 발언이 허위임을 인식하면서 홍장원 진술의 신빙성을 약화시키기 위해 허위 내용을 유포했다”고 지적했다. 이어 해당 발언이 윤 전 대통령 탄핵 찬성의 주된 근거를 약화시키는 내용이라며 “윤석열에 대한 탄핵을 저지하기 위한 정치적 동기와 목적이 있었다고 볼 수밖에 없다”고 판단했다.
홍 전 차장의 비화폰 정보를 삭제한 증거인멸 혐의도 1심과 달리 유죄로 인정했다. 재판부는 조 전 원장이 비화폰 사용자 계정 삭제로 통화기록 등 전자정보가 삭제된다는 점을 인식하고 있었다며 박종준 전 대통령경호처장의 증거인멸 범행에 대한 “본질적 기여를 통한 기능적 행위지배가 인정된다”고 판단했다.
정치인 체포 지시를 보고받지 않았다는 취지의 국회 증언도 “기억에 반하는 진술”이라고 판단했다. 비상계엄 선포 전 삼청동 안가 회동에서 윤 전 대통령이 ‘비상한 조치’를 언급한 사실과 비상계엄 선포문을 보거나 김용현 전 국방부 장관이 다른 국무위원들에게 선포문을 전달하는 장면을 목격하지 못했다는 취지의 위증 혐의도 1심 무죄에서 유죄로 뒤집었다.
반면 1심에서 유죄였던 조 전 원장 본인이 윤 전 대통령 또는 김 전 장관으로부터 계엄 관련 지시 문건을 받았다는 부분의 허위공문서 작성·행사와 위증 혐의는 무죄로 뒤집었다. 재판부는 조 전 원장이 받은 문건이 ‘계엄 관련 지시 문건’이라고 보기 어렵다며 이 부분을 유죄로 인정한 1심 판단은 “불고불리 원칙을 위반한 것”이라고 판단했다.
재판부는 정치인 체포 지시가 “국가안전보장에 중대한 영향을 미치는 상황”에 해당할 수 있다고 봤다. 다만 홍 전 차장의 보고만으로 즉시 국회 보고 의무가 발생했다고 단정하기 어렵고, 보고 시점으로부터 약 1시간 뒤 국회에서 계엄 해제 요구 결의안이 통과된 점 등을 들어 “국가의 기능을 저해하고 국민에게 피해를 야기할 구체적인 가능성이 있었다고 보기 어렵다”고 판단했다.
재판부는 이에 원심 가운데 직무유기와 홍 전 차장의 동선이 담긴 CCTV를 국회에 제출해 정치활동에 관여했다는 혐의에 대한 특검의 항소를 기각하고, 나머지 유·무죄 부분을 파기해 조 전 원장에게 징역 2년6개월과 자격정지 2년6개월을 선고했다
