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이에 따라 앱트뉴로사이언스는 연구실행비 350억원을 계약 체결일로부터 10일 이내에 에이프로젠에 일시 지급해야 한다. 에이프로젠은 해당 프로젝트 관련 기기 장비 시설, 밸리데이션 등에 1686억원 상당 투자한 상태다. 신규로 필요한 연구 장비는 앱트뉴로사이언스가 구매해야 한다.
예상하지 못한 추가 비용이 발생하거나 발생할 것으로 예상될 경우 에이프로젠은 즉시 앱트뉴로사이언스에게 이를 서면으로 통보 후 계약에 따라 추가 비용 지급을 협의한다. 계약 진행 중 임상이 불가항력적으로 중단될 경우 잔여 연구실행비는 에이프로젠이 앱트뉴로사이언스에 반환한다. 단 당사자들이 합의한 경우 에이프로젠이 잔여 비용을 기타 뇌질환 관련 치료제나 진단법 기술 개발에 사용 가능하다.