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더본코리아는 2016년 9월부터 올해 3월까지 충남 예산군 오가면 농업진흥구역에 설립한 백석공장에서 중국산 메주, 미국·캐나다·호주산 대두 등 외국산 원료로 된장을 생산해 판매한 혐의를 받는다. 백석공장 인근에 비닐하우스 2동 440㎡을 농업용 고정식 온실 용도로 신고한 뒤 된장 원료 보관 창고로 사용한 혐의도 받고 있다.
현행 농지법상 농업진흥구역 내 시설에서는 국내산 농수산물을 원료로 식품을 생산해야 한다.
법인 측은 예산군의 행정처분에 따라 지난해 12월 비닐하우스를 철거했다. 경찰 수사가 시작된 지난 6월에는 백석공장 운영을 중단했다.
더본코리아는 지난 2023년 11월 충남 홍성군에서 열린 바비큐 축제에서는 상온에 노출된 상태로 돼지고기를 일반 트럭에 싣고 운송해 축산물위생관리법을 위반한 혐의도 받고 있다.

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