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공수처는 손 검사장의 고발 사주 의혹을 수사하기 위해 2021년 9월10일과 11월15일 손 검사장이 근무했던 대검찰청 수사정보담당관실 등을 압수수색 했다. 아울러 당시 서울중앙지검도 압수수색을 진행했는데, 손 검사장의 관여 사실을 확인한 뒤 2021년 9월 이 사건을 공수처에 이첩했다. 이에 손 검사장은 영장을 제시받지 못하고 참여 통지조차 받지 못한 압수수색은 위법하다며 법원에 준항고를 냈다. 이후 서울중앙지법은 2022년 7월 이를 기각했고, 손 검사장은 불복해 재항고장을 냈다.
이후 대법원은 지난 2023년 손 검사장에 대한 공수처의 압수수색이 적법했다고 본 원심 판단 중 일부 압수수색을 제외한 나머지 부분을 취소하고 이를 파기환송 한 바 있다. 대법원은 “본안 사건 수사 기록 목록을 보면 공수처와 서울중앙지검이 집행한 압수수색 영장 내역이 여럿 포함됐다”며 “원심은 본안 사건 진행 경과를 지켜보면서 준항고인(손 검사장)이 압수수색 관련 자료들을 확보해 제출할 기회를 부여할 필요가 있었다”고 판단했다.
그러면서 “준항고인에게 석명권을 행사하는 등의 방식으로 불복하는 압수수색 처분을 개별적·구체적으로 특정할 기회를 줬어야 한다”며 “준항고인이 압수수색 처분의 주체로 지정한 공수처 검사가 압수수색 처분을 한 사실이 없다는 등의 이유로 준항고를 기각한 원심은 잘못이 있다”고 판시했다.
한편 고발사주 사건은 2020년 4·15 총선을 앞두고 당시 대검찰청 수사정보정책관이었던 손 검사장이 여권 인사들에 대한 고발을 야권에 사주했다는 의혹에서 시작됐다. 손 검사장이 최강욱 전 더불어민주당 의원, 황희석 전 열린민주당 최고위원, 유시민 전 노무현재단 이사장 등 당시 범여권 인사들에 대한 검찰 고발을 사주했다는 내용이다.
1심은 손 검사장의 혐의를 유죄로 판단하고 징역 1년을 선고했지만, 2심은 원심 판단을 뒤집고 공소사실 전부를 무죄로 판단했다.