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당시는 일제 치하를 벗어난 지 그다지 긴 시간이 흐르지 않아 반일 감정이 강했던 시절이고, 일제 강점에 대한 일본 측 사과조차 명확히 공개된 바가 없어 협정에 대한 비판 여론이 강했다.
한일협정을 제2의 경술국치에 비유하는 이들이 있을 정도였고, 박정희 정권이 이같은 분위기에도 협정을 밀어붙이자 전국적인 시위가 폭발했다.
저항이 전국적인 반정부 시위로 확산되고 시위가 절정에 이른 6월 3일 오후 8시 정부는 계엄령을 선포해 시위 진압에 나섰다. 경찰과 군 4개 사단 병력이 동원됐고 영장 없는 수색, 체포, 구금 등이 가능해져 전국에서 잡아들인 학생, 정치인 언론인이 1000명을 넘어섰다. 체포된 이들 중에는 후일 한국 정치사에 이름을 남기게 된 이들도 적지 않았다.
박정희는 방송담화까지 내 시위를 “야당 정치인들의 선동”으로 격하하는 한편 학생들은 학교로 가 공부나 하라고 다그쳤다. 계엄령은 두달 가까이 지난 7월 29일에야 해제됐다.
이후 일본과의 국교 정상화에 반대하는 시위가 계속 이어졌으나 결국 1965년 6월 22일 한일기본조약이 체결되고 한일수교까지 이뤄지면서 이 항쟁은 실패로 끝나고 말았다.
그러나 그때 항의한 시민들이 옳았던 것은, 이 협정이 60여년이 지난 오늘날까지도 강제징용, 위안부 피해 등의 배상 문제에 대한 해답이 되지 못한다는 사실로 증명되고 있다.